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EOD(爆発物処理班)のキム・ヒョンジュンは、爆弾テロを阻止すべく出動。しかし、上層部がNCI(国家特殊犯罪情報局)チーム長カン・ギヒョンのプロファイルを無視して指示した結果、大爆発に。ヒョンジュンは仲間を失ってしまう。1年後、20代女性を狙う殺人事件を機にヒョンジュンはNCIと共同捜査をすることに。事件は7年前に姿を消した殺人鬼リーパーの手口に酷似していた。

20代の女性を狙う連続殺人事件の捜査が大詰めを迎える中、複数犯の可能性が浮上する。NCI行動分析官のハ・ソヌは共犯者とみられるマ・ヒョンテの居場所を探し出すが、彼は何者かによって殺された直後だった。逃走した容疑者をソヌはヒョンジュンとともに追跡する。一方ギヒョンは、背後に少年院でのパワーハラスメントがあったと突き止める。

KTXに殺人事件の共犯者が乗り込む事件が発生する。警官ら2人が殺害され、列車に乗り合わせていたNCIのメディア担当要員ユ・ミニョンら7人が人質に。調査の結果、男は特許を国家に奪われたと抗議デモをした人物だった。何かの妄想に駆られている様子の男に対し、ヒョンジュンは交渉すべく列車に乗り込むが……。

リーパーとの取引を断ったギヒョン。対して、リーパーは次なる標的として彼の妻と息子を狙っていることを匂わせる。NCIのメンバーはリーパーの模倣犯らを洗い出すが、思うように捜査は進まない。ギヒョンはある証言を基に、過去の連続殺人事件の唯一の生存者であるキム・ヨンチョルこそがリーパーではないかと感づくが……。

ギヒョンの妻を殺害後、リーパーことヨンチョルが脱獄して1か月。ギヒョンは事件の後遺症からPTSDを患っていた。そんなある日、公園に同時刻にいた17人が死亡する事件が発生する。被害者から検出されたのは生化学兵器にも使われる炭疽菌。パニックを避けるため報道規制が敷かれる中、目撃証言から黒い服を着た男の存在が浮上する。

公務員試験の予備校に通うウンジョンが失踪した。母親宛の封書に入っていたDVDに映っていたのは、仮面を被った男に拷問される姿。ギヒョンは過去に起きた3件の未解決事件を引き合いに、犯人は親に苦痛を与えることで快楽を得ていると分析。同一犯の犯行とみる。一方、ヒョンジュンは予備校の防犯カメラから共犯者の存在を確信する。

20代の女性をターゲットにした拉致殺人事件を捜査する過程で、参考人として取り調べをうけていた容疑者の妻ソン・ユギョンが突然逃走。ヒョンジュンらはユギョンこそが真犯人であると推察する。調査の結果、彼女は15歳の時、義父から性暴行を受けて通報されていたと判明するが、それを犯行の動機とするにはいくつかの矛盾が残されていた。

路上で女性ドライバーが銃で殺害される事件が連続して発生。実は、弱気な営業マン、ギテによる犯行だった。事実を知らないギヒョンらは、軍関係者や通り魔の犯罪も疑う一方で、事件の痕跡から読み取れる不可解な動機にプロファイルの焦点を当てる。事件がエスカレートしていく可能性をヒョンジュンが説く中、ギテによる第3の殺人事件が起きる。

遊園地で子どもが立て続けに誘拐される事件を調査するNCIメンバーは、同じ場所で8年前にも子どもが姿を消していたことを知る。同一犯の可能性があると推理したヒョンジュンとソヌは、8年前に息子のジヌが失踪したという母親に会いに行く。子どもたちの生存を信じて捜し続ける母のために、ギヒョンらはプロファイルを進めるが……。

誘拐が未遂に終わり救出された男の子への聞き取り調査から、8年前に誘拐されたジヌが共犯者である可能性が浮上する。ヒョンジュンは、ジヌは他の子の逃亡を助けながら、犯人と疑似家族のように暮らし、共に犯行を繰り返してきたと推測。一方ギヒョンは、犯人がなぜ公共の場所で誘拐をしたのか、その理由に着目していた。

郊外の一軒家で裕福な夫婦が殺害された。事件の通報者は犯人を「執行官」と呼び、覆面で自撮りした動画で「彼はこの世の正義を正すため、罪を7度罰する」と告げる。NCIチームは複数犯の犯行を疑い、ソヌとミニョンが過去に不審人物の情報提供をした男に会いに行くことに。ところが、男にミニョンが拉致されてしまい……。

国内で20年ぶりに死刑執行が再開されることになった。対象となっているのは20代の女性12人を殺めたとされる夫婦。余罪に疑問が残る中、真相究明のためにNCIチームが緊急投入される。死刑執行まで48時間。ギヒョンは、頑なにメディアとの接触を拒み“冷たい魔女”と称された妻のアン・ヨジンに面会するため、独房を訪れる。

里帰りしていたヒョンジュンが、30代男性の殺害容疑で緊急逮捕されてしまう。急きょ現場に向かうNCIのメンバーたち。ソヌは、ヒョンジュンと被害者のカン・ホヨンがいずれも14年前に10代の少女が殺された「ナドゥル川事件」の容疑者であり、ソヌ自身も遺体の第一発見者だったと打ち明ける。ヒョンジュンは自分の関与を否定するが……。

「ナドゥル川事件」を調査する過程で、NCIチームはヒョンジュンが14年間一人で事件を追い続けてきたことを知る。容疑者として名前が挙がっていたにもかかわらず、ヒョンジュンは、自分が知ることをなぜ周りに隠し続けていたのだろうか。NCIメンバーが見守る中、ギヒョンによるヒョンジュンの取り調べが始まる。

拉致監禁された水泳選手の女子高生3人は、犯人に「2人を助ける代わりに1人の命が必要だ」と告げられる。犠牲になるのは誰か。3人は、ジレンマでパニックに陥り仲間割れを起こす。一方、事件の捜査を進めるヒョンジュンはプロファイルの結果、怨恨による犯行であると推測し、親や水泳コーチなど身近な大人を疑い始める。

教会で神父が殺害される事件が起きた。被害者は耳に石を詰められ目隠しをされていた。NCIメンバーは、一撃で人を殺し目撃者も防犯カメラの人影も残さない「幽霊殺人」と同一犯であると推測する。被害者たちの過去を調べると、暴力や性犯罪で起訴されるも無罪になるという共通点が発覚。法曹関係者を洗うなか、容疑者が浮上するが……。

モデルハウスを舞台にした連続女性殺人事件を追うNCIチーム。床の血痕がきれいにぬぐわれていたことに疑問を感じるソヌに対し、ヒョンジュンは「犯人はモデルハウスの完璧な空間が汚れることを嫌った」と持論を述べる。そして、犯行は完璧な家に憧れる人物で、理想の女性と時間を過ごし、幻想が壊れた瞬間に殺害をしたと推論する。

女性を対象にした連続暴行事件が発生。最初の被害者が20代の女子大生であるのに対し、6ヵ月後の事件では30代の女性が狙われるなど、ターゲットの年齢も職業もバラバラだ。ところが捜査の結果、性的暴行で犯人の子どもを妊娠し、自殺した被害者の存在が明らかに。さらに捜査を進めると、被害者たちに意外な共通点があることが判明する。

おとり捜査でのソヌの行動が物議を醸し、停職3ヵ月の処分に。そんな中、かつてNCIが関わった事件の数々に酷似した手法の殺人が続発する。同じ頃、脱獄したリーパーことヨンチョルに接触していたと見られるソン記者が行方不明に。背後にリーパーことヨンチョルの影を感じたギヒョンは、捜査に乗り出す。

リーパーの殺人を追従するサイト「幽霊クラブ」の運営者カン・チファンを取り調べるギヒョンとヒョンジュン。だがNCI局長ペク・サンから、この捜査を別の部署に託すと告げられてしまう。そんな中、局長と娘が失踪。ギヒョンはリーパーが局長を脅迫していると感づき、「幽霊クラブ」に記されたカフェへ向かう。そこには、ヨンチョルの姿があった。